Tutoriaux académiques
En français
Le 4 octobre 2017, le RIC-Paris-Saclay à organisé une conférence sur les Microscopies à feuille de lumière. Cet évènement a été soutenu par le réseau France-BioImaging et le GDR MIV.
Les présentations des différents orateurs ont été enregistrées puis montées par
M. Relid du Service de Création AudioVisuelle d’Orsay (SCAVO).
Présentation de C. Lorenzo – ITAV – Toulouse : Les microscopies à feuille de lumière
Présentation de P. Affaticati – Tefor Core facility, Paris-Saclay Inst. de Neuroscience – CNRS – Gif/Yvette : Méthodes de clarification des échantillons biologiques
Présentation de N. Peyriéras – Lab.BioEmergences – CNRS – Gif/Yvette : Traitement des images et gestion des datas (mise en ligne à venir)
Présentation de W. Supatto – Lab. Optics and Biosciences – Polytechnique – Palaiseau : Les microscopies à feuille de lumière combinées aux autres techniques
Le groupe STEM du Laboratoire de Physique des Solides – LPS – offre sur son site plusieurs ressources intéressantes concernant la microscopie électronique.
La microscopie électronique en Que sais-je ? : un classique bien utile en format web.
D’autre part une présentation sur les fondamentaux et les applications de la STEM (Scanning Transmission Electron Microscopy) par Mathieu Kociak, Université Paris-Sud (France) – IV Theoretical-Practical Course of Transmission Electron Microscopy, held by the Brazilian Nanotechnology National Laboratory (LNNano). www.stem.lps.u-psud.fr/video-stem-imaging-optics-ronchigrams-bright-field-dark-field
Toujours autour de la microscopie on peut consulter :
En anglais
iBiology a été développé pour diffuser la meilleure connaissance de la biologie au travers d’une série de conférences web. C’est certainement l’ensemble le plus complet de tutoriaux disponible gratuitement. Initié en 2006 par l’Université de Californie, et le Professeur Ron Vale du Howard Hughes Medical Institute, iBiology s’est développé pour atteindre aujourd’hui plus de 300 conférences et short talks par les meilleurs spécialistes mondiaux dont plusieurs prix Nobel. iBiology bénéficie du support de la National Science Foundation, du National Institute of General Medical Sciences, et de la Lasker Foundation. iBiology est aussi en partenariat avec l’EMBO, l’EMBL, et le Howard Hughes Medical Institute.
On y trouve :
Introduction
- Microscopy : course overview (Ron Vale, HHMI/UCSF)
- What Can You Learn with a Light Microscope? (Ron Vale, HHMI/UCSF)
- Choosing the Right Microscopy Technique (Ron Vale, HHMI/UCSF)
- History of early Microscopes (Joseph Gall, Carnegie Institution)
Transmitted Light Microscopy
- What is Light? (Bo Huang, UCSF)
- Light Sources for Microscopy (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- Refractive Lenses and Image Formation (Daniel Fletcher, UC Berkeley)
- Objective lenses and Eyepieces (Stephen Ross, Nikon )
- Features of an Objective Lens (Stephen Ross, Nikon)
- Correcting for Spherical Aberration with a Correction Collar (Stephen Ross, Nikon)
- Eyepieces (Stephen Ross, Nikon)
- How to Adjust the Eyepiece and Camera (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- Microscope Imaging and Koehler Illumination (Ron Vale, HHMI/UCSF)
- How to Clean Objective Lenses and Filters (Kurt Thorn, UCSF)
- How to Focus : The focal Plane (Ron Vale, HHMI/UCSF)
- Abbe Diffraction Demonstration (Kurt Thorn, UCSF)
- Point Spread Function (Jeff Lichtman, Harvard University)
- Measuring a Point Spread Function (Ron Vale, HHMI/UCSF)
- Resolution in Microscopy (Jeff Lichtman, Harvard University)
- Huygens Wavelets Constructive/Destructive Interference, and Diffraction (Jeff Lichtman, Harvard University)
- Cleaning a Microscope : Finding Dirt in Your Optical System (Stephen Ross, Nikon)
Contrast Generation for Transmitted Light
- Dark Field, Phase Contrast, Polarization and Differential Interference Contrast (DIC) Microscopy (Edward Salmon, University of North Carolina)
- Phase, Polarization and DIC Microscopy Lab (Stephen Ross, Nikon)
- Differential Interference Contrast (DIC) Microscopy (Edward Salmon, University of North Carolina)
- Pragmatics of DIC and Video-Enhanced Contrast Microscopy (Edward Salmon, University of North Carolina)
- Polarized Light and its Interaction with Material (Shinya Inoue, Marine Biological Laboratory)
- Polarization Microscopy (Edward Salmon, University of North Carolina)
- Examples of Using Polarization Microscopy (Shinya Inoue, Marine Biological Laboratory)
Fluorescence Microscopy
- Introduction to Fluorescence Microscopy (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- Designing a Fluorescence Microscopy Experiment (Kurt Thorn, UCSF)
- Live Cell Imaging and Environmental Control (Kurt Thorn, UCSF)
- Minimizing Damage from Fluorescence (Ron Vale, UCSF/HHMI)
- Fluorescent Probes : Organic Dyes and Quantum Dots (Timothy Mitchison, Harvard University)
- Advances in Optics and Nanoparticle Technology : Pushing the Boundaries of Light Microscopy (Steven Chu, Stanford)
- Fluorescent Proteins and the Story Behind GFP (Roger Tsien, UCSD/HHMI)
- Developing GFP as a Biological Marker (Martin Chalfie, Columbia University)
- Optimizing Detection of GFP (Roger Tsien, UCSD/HHMI)
- Fluorescent Protein Indicators (Roger Tsien, UCSD/HHMI)
- Labeling Proteins with Fluorescent Probes (Timothy Mitchison, Harvard University)
- Optical Sectioning and Confocal Microscopy (Kurt Thorn, UCSF)
- Two Photon Microscopy (Kurt Thorn, UCSF)
- Light Sheet Sectioning (Ernst Stelzer, European Molecular Biology Laboratory)
- Dual-View Inverted Selective Plane Illumination (diSPIM) (Hari Shroff, NIBI and National Institutes of Health)
- Measuring Dynamics: Photobleaching and Photoactivation (Jennifer Lippincott-Schwartz, NIH)
- Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF) Microscopy (Daniel Axelrod, University of Michigan)
- Förster Resonance Energy Transfer (FRET) Microscopy (Philippe Bastiaens, Max Planck Institute)
- Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (Philippe Bastiaens, Max Planck Institute)
- Super-Resolution: Overview and Stimulated Emission Depletion (STED) Microscopy (Stefan Hell, Max Planck Institute)
- Super-Resolution Microscopy (Xiaowei Zhuang, Harvard University/HHMI)
- Super-Resolution: Localization Microscopy (Bo Huang, UCSF)
- Super-Resolution: Structured Illumination Microscopy (SIM) (David Agard, UCSF/HHMI)
- Developing PALM Microscopy (Harald Hess & Eric Betzig, HHMI)
- Breakthroughs in Intracellular Fluoresccent Imaging (Jennifer Lippincott-Schwartz, NIH)
- Quantitative Analysis of Speckle Microscopy (Clare Waterman, NIH)
- Measuring Dynamics : Fluorescent Speckle Microscopy (Clare Waterman, NIH)
Electron Microscopy
- Introduction to Electron Microscopy and Transmission Electron Microscopy (Eva Nogales, HHMI)
- Single Particle Cryo-EM (Yfan Cheng, University of California)
Robotics, Detection and Image Analysis
- Cameras and Photosensitive Detectors I: How Do They Work? (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- Cameras and Detectors II: Specifications and Performance (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- Introduction to Digital Images (Kurt Thorn, UCSF)
- Fourier Space : Fourier Transform (Bo Huang, UCSF)
- Image Analysis (Kurt Thorn, UCSF)
- Deconvolution Microscopy (David Agard, UCSF/HHMI)
- Using Software to Control Microscopes (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- High Speed Synchronization (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
- Camera Calibration (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
Specialized Microscopy
- Optical Traps (Carlos Bustamante,UC Berkeley/HHMI)
- High Throughput Microscopy (Jan Ellenberg, European Molecular Biology Laboratory)
- Array Tomography (Stephen Smith, Stanford University)
- Correlating Fluorescence with Electron Microscopy (Roger Tsien, UCSD/HHMI)
- Miniature Microscopes for Deep Tissue Imaging (Mark Schnitzer, Stanford University/HHMI)
- Development of Optogenetics (Karl Deisseroth, Stanford University/HHMI)
- Optogenetics : The use of Opsin Genes in Technique development (Karl Deisseroth, Stanford University/HHMI)
- Mobile Microscopy (Daniel Fletcher, UC Berkeley)
- Lab: Demystifying Microscopes: Disassembling a Nikon Ti Eclipse (Stephen Ross, Nikon)
- Demystifying Microscopes: Disassembling an ASI RAMM (Nico Stuurman, UCSF/HHMI)
On trouve sur ce site des pages Tutorials, Reviews et Recent Talks offrant des présentations assez pointues principalement axées sur le traitement du signal.
On trouve sur la page downloads de ce site de très bons cours en format pdf.
Ce site dédié aux nanotechnologies offre dans son volet Ressources plusieurs tutoriaux concernant l’imagerie sous différentes formes : présentations vidéos, powerpoints au format pdf, cours en ligne, animations, malheureusement un peu difficiles à trouver parmi les très nombreux domaines proposés.
On trouve dans la page LFD Workshop in Advanced Fluorescence Imaging and Dynamics une série de présentations en format .pdf sur les techniques FCS, FCCS, PCH, FLIM, FLIM/FRET, etc (parcourir les différentes années).
Weizmann Institute of Sciences – Advanced Light Microscopy : Une série très complète de présentations .ppt par le Prof. Zvi Kam.
Tutoriaux industriels
Une série de tutoriaux et de revues sur les grandes techniques d’imagerie.
Une série de tutoriaux interactifs et de revues sur les grandes techniques d’imagerie.
Une série de tutoriaux et de revues sur les grandes techniques de microscopie.
Une série de tutoriaux interactifs et de revues sur les grandes techniques d’imagerie.
Olympus Microscopy Resource Center
Une série de tutoriaux interactifs et de revues sur les grandes techniques d’imagerie.
Zeiss Campus – Education in Microscopy and Digital imaging
Une série de tutoriaux interactifs et de revues sur les grandes techniques d’imagerie.